Parece que todo el mundo se queja de eso. Seguro que hay formas mejores de hacerlo pero las dos que se me ocurren:
1. No copies secciones en el mismo patrón. Leí en algún sitio que mucha gente crea una sección en un patrón (U01 -A- por ejemplo) lo copia en otro (U02 -A-) que es en el que modifica y luego pasan a un tercero (U03 -A-) la versión que más les convence. Así además te puede pasar todo como patrones de usuario (incluso los de fábrica) y puedes seguir modificando a tu gusto)
2. Copia el patch que quieras modificar (p.e. U001) a otro número y colocalo en la seccion B. Así serán lo mismo pero al tener números diferentes la rm1x solo modifica uno.
Salu2
Otra opción es que te hagas una cadena con los patrones que van a conformar tu tema y la conviertas en Song. Así tienes el tema al completo para ir modificando las partes que creas convenientes.