No conozco FL, pero si debería poderse, por lo menos en Cubase, al crear una pista MIDI te permite seleccionar el dispositivo de entrada desde el cual esa pista recibirá la secuencia MIDI, y te muestra la lista de todos los dispositivos instalados, en FL deberia ser similar y tu seleccionas desde cual controlador recibirá la info cada pista.
o puedes modificar el canal por el que se envían los datos midi (de entre 16) para que no haya interferencias con otros dispositivos.
saludos