Hola TheFlowerKing!
Yo en Ardour2 lo hago así: pincho y arrastro con el ratón sobre la pista de la automatización. Entonces aparece un recuadro para seleccionar los puntos. Los puntos seleccionados se vuelven de color rojo. Una vez seleccionados presionas "Supr" y desaparecen.
Espero que te funcione. Ciao!