Hola Nicolás,
Debes dividirlo desde el controlador, el cual debería tener la posibilidad de determinar el canal midi por el cual envían las teclas y por cual canal los botones. Según el manual de tu controlador, debes usar el software VI Editor para poder modificar estos parámetros.
Ya estando en Logic X lo que debes hacer es ajustar el canal de entrada de cada instrumento de acuerdo a como hayas programado tu controlador
Espero esto te ayude en algo
Un saludo