Hola..la respuesta a tu inquietud es que debes conectar el pedal cuando este esté apagado el teclado.
Y no tocar ninguna tecla hasta que lo haya reconocido. Seguramente cada vez que lo haz conectado estaba prendido, así el pedal reacciona de la manera inversa, que es justo lo que describes.
Si no te funciona te recomiendo comprar un pedal barato con control de polaridad.
Eso espero que te sirva, ya que se que ha pasado un mes desde que publicaste esta pregunta.
saludos