En la mayoría de los casos, aunque no siempre, las pastillas activas actualmente producen un menor nivel de salida que las pasivas, aunque al ser amplificadas por un circuito activo generan un mayor nivel de salida. Si tus pastillas son diseñadas para un circuito activo, es muy probable que al eliminarlo te den menor señal de salida, lo cual podría ser indeseable, aunque no necesariamente malo.
En el caso de una de mis guitarras (Ibanez Artist Series 2700) las pastillas son 'normales' (P90) y tiene un switch que brinca el previo. Sin este activado me da un volumen 'normal' y activado es un poco más fuerte de lo usual, lo cual a veces es un problema con ciertas interfaces de audio. Tiendo a utilizar una caja directa (DI Box) cuando surge algún problema.
Lo que puedes hacer tal vez, es identificar el modelo de pastillas que tiene tu bajo y buscar en Google, ver si puedes hallar información que te diga qué tipo de pastillas son. Si son pasivas, lo más probable es que funcione sin ningún problema. Los bajos que he tenido (un Hohner y un Yamaha) ambos tenian switch para activar/desactivar el circuito activo, y funcionaban correctamente en cualquier forma.
Bueno, probaré tal cual y a ver que pasa.
Mantendré informado del resultado