Que interfaz ocupas amigo? para ver si te puedo ayudar.
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Perdón no vi que lo pusiste en el titulo, despiste..... pues prueba a ver en configuración de audio a ver si te detecta las entradas bien por ahí. El fallo te lo da en algún DAW o simplemente el conectarlo?
Eso sucede cuando tienes configurado un "lo que se oye" del driver de la interfaz en el sistema operativo, la gran mayoria de veces por que quieres tener abierto tanto el DAW como Youtube u otro programa en el ordenador, para ello debes eliminar esa configuración en el sistema operativo y que la interfaz y el driver ASIO tome el control del audio del ordenador y así que cada entrada de la interfaz llegue independiente a un track del DAW.