format factory es gratuito , buscalo en softonic , es muy bueno, tambien tienes gratuito muy bueno xmedia recode.tambien por softonic .
saludos.
Yo utilizo mpeg streamclip, es gratuito y tiene muchísimas opciones
Yo tambien uso el Adobe media encoder, me parece muy comodo, ademas de que si usas una Tarjeta de video ATI compatible con Ati Stream (a partir de una HD 4200 creo) y bajas el plugin para ello, el tiempo de conversion disminuye mucho.
Por otro lado, si tienes Quicktime instalado, deberias poder editar el video en formato .Mov sin necesidad de convertirlo (en premiere y final cut almenos :p)