Todo depende de cómo está creado el archivo MIDI. Probablemente cada sonido está en una pista o incluso canal diferente y las definiciones de instrumento corresponden al esquema de EZdrummer.
En estos casos conviene editar el archivo MIDI previamente en un secuenciador para establecer la asociación de GM de cada instrumento, asegurarse de que en la lista de eventos todas las pistas están en el cana 10 y fusionar todas las pistas si quieres que aparezcan en un solo pentagrama.
Es posible que puedas hacer todo o parte de este trabajo cambiando las opciones de Import MIDI File Options, por ejemplo cambia a Channels Become Staves (esto hace que todas las pistas que comparten canal, en percusión el 10, deberían aparecer en un mismo pentagrama. Puedes probar la siguiente opción Set Track-to-Staff List para hacer cambios manualmente.
Sea como sea tomate las cosas con calma y dedica un tiempo a experimentar tanto con las opciones de Finale, como con la posibilidad de editar previamente el MIDI (la lista de eventos, event list) en un secuenciador. Al cabo de un tiempo encontrarás el mejor camino para importar esos archivos MIDI y obtener la partitura que deseas.
Otra opción, subir alguno de esos archivos y que los que más experiencia tienen en Finale te ayuden a importar de una manera más eficaz.