Seguramente tenga que ver con la velocidad de muestreo/capacidad de procesamiento -aunque no especificas que ordenador-sistema operativo usas-. Prueba a reducir un poco la velocidad de muestreo y aumentar la latencia para ver si efectivamente ahí está el problema. También, a veces, bajar la resolución de la tarjeta soluciona algunos problemas (tampoco dices cómo estás trabajando con tu tarjeta, a que frecuencia y resolución).
He aumentado la latencia y bajado la velocidad de muestreo/bits y sigo teniendo problemas. Tengo un HP Pavilion dv600, 2GHz y 3GbRAM con Vista de 32 bits y la tarjeta trabaja a 16 bits y 44.1 KHz. El software tampoco es el culpable porque con otros DAW también ocurre lo mismo. Ideas?