Hola. Los sonidos-partes que quieras tocar en el controlador tienen que estar en los mismos canales en ambos teclados y si no quieres que suenen esas partes tocando el teclado del roland solo tienes que desactivar el interruptor keyboard, es un punto amarillo junto al de arpegio. Y al contrario, en las partes que tienen que sonar desde el teclado roland, el interruptor keyboard tiene que estar activo.
Luego puedes controlar cosas más complicadas, mensajes de control, etc, en la pantalla rx filter. El cable midi del nektar en el conector midi out y en el roland en el conector midi in, activar, desactivar partes con los pads... vamos que tienes muchas posibilidades.
No conozco el nektar pero supongo que será igual que otros, supongo qué tendrás que configurar zonas o capas asociadas a los canales donde están los sonidos-partes que quieres tocar con él.
Te aconsejo que Las dudas y cuestiones que tengas sobre tu fa08 las publiques en el hilo dedicado al Roland Fa-06 en el foro de sintetizadores, allí hay usuarios muy experimentados.
https://www.hispasonic.com/foros/roland-fa-06/456843
Espero que te sea de ayuda. Un saludo.