Abría que ver que más software tienes instalado por ahí,
la verdad yo nunca he tenido esos problemas, ni cuando andaba con un Pentium III 500 con una Sound Blaster...
Si el archivo del proyecto que te falla está corrupto, es mejor que ya no lo abras más, está corrupto para siempre...
A lo malo, malo, formatear, hacer una instalación limpia de todo, y luego instalar Cubase, que va bien, instalas un plug, ¿sigue yando bien? pues instalas otro... así hasta dar con el problemas (en el caso de que sea que un plug de terceros lo q está dando problemas)
Puede ser alguna otra aplicación... Si tienes que hacer tareas de ofimática y tal, crea distintas cuentas de usuario en Windows...
Vamos, es ir probando y cerrando el círculo.
Por privado te paso un enlace a un tutorial sobre optimizar Windows para audio, que tampoco quiero abusar de este sitio.
Salu2