El problema con las conecciones digitales ya sean S/Pdif, AES EBU, ADAT, etc. es que si son varios aparatos son bastante problematicas por cuestiones de reloj (por ello los cortes, interferencias, etc), entonces para solucionar esto es conveniente conectar los distintos aparatos ademas de a los puertos digitales, con cables BNC para lograr una mejor sincronizacion del word clock seleccionando el aparato que mejor reloj tenga o mucho mejor conectando todos a un word clock externo.
El tema de configurar bien la sincro (WordClock, ADAT o S/PDif, el que tengas configurado entre tus equipos) es muy importante PERO el asunto del CABLE PARA SEÑAL DIGITAL no es menos importante. Si conectas un cable RCA/RCA de audio normal tendrás muchos problemas... eso si llega a funcionar.
Los cables para señales digitales como AES/EBU y S/PDif deben ser de 75 Ω. Los que se usan para DMX son también de esa impedancia.
Para la sincronización entre equipos digitales, SIEMPRE debes configurar uno de ellos (el mejor) como MASTER y los demás como ESCLAVOS (slave). En tu caso, si estás grabando en Pro Tools, debes configurarlo como SINCRO INTERNA (decirle que él es el MASTER) y la Digi 003 será el equipo encargado de enviar el reloj de sincro a los demás equipos por las salidas de WordClock, ADAT y S/PDif simultáneamente.
El MOTIF deberás configurarlo como SLAVE (o esclavo) y seleccionar S/PDif (imagino que será el único que tenga por lo que igual ni aparecerán en el menú).
Con el ELEVEN tienes que hacer lo mismo, ponerlo como esclavo para que pueda reconocer el reloj de sincro por su entrada S/PDif (que le envía la DIGI 003).
Saludos y espero que sirva de ayuda.
M-A