Yo tengo dos discos duros de 40 gigas cada uno , segaste y ide a 7200 rpm.
En el primero utilizo "solamente" el sistema operativo (win xp pro) y todo lo q venga preparado o personalizado para el mismo (parches para el win,utilidades del sistema etc).
en el segundo tengo intalado todo el software (emule,azureus,sonar,reason,librerias,musica etc) y la verdad es que he podido comprobar de que el rendimiento ha mejorado mucho.
Antes solo tenia un disco duro para todo y la verdad es que cada vez q iniciaba el pc era un sin vivir (errores, lentitud, necesidad de hacer defragmentaciones cada dos por tres etc) y desde que tengo dos discos duro lo he echo asi...uno para el win y otro para todo lo demas.
Esa es la ventaja que yo he notado con respecto a tener todo en un mismo disco duro (ten encuenta de que el hdd del sistema tendra menos movimiento de archivos y por lo tanto el sistema ira siempre mas ligero por encontrarce todo en su sitio).
creo q sera cuestion de hacer pruebas pero de momento te puedo decir que la mejora la he notado dejando todo como te he dicho antes (ahora me hago con un equipo nuevo y pretendo pillarme dos hdd serial ata q son mas rapidos e imagino q me ira todo mucho mejor).
un saludo y suerte.