En lugar de importar, prueba primero a arrastrar el .mid directamente a las pistas de SX.
Como alternativa, puedes cambiar el puerto de salida midi de todos los canales a la vez teniendo pulsado ALT al cambiar el puerto en uno de ellos. Esto te ahorra ir cambiando canal por canal.
Lo de los cambios de programa ni idea.
Lo de los cambios de programa, ¿no tendrás el filtro midi activado en el apartado de Preferencias > Midi?
Si, eso no es, está bien. Podrías probar si los cambios de programa funcionan con ese mismo midifile y otro VSTi que no sea HyperCanvas, igual es cosa del Edirol.