Buenas!
Creo que, lo común, sería poner las notas reales, incluso aunque haya una exagerada cantidad de líneas adicionales.
Sin embargo, si llegaste a la conclusión de que el método que vos sugerís es el correcto, copiaría las mismas notas en la otra capa. Lo mismo en Layer 1, y en Layer 2.
Nuevamente, incluso en este caso, dejaría las plicas para ambos lados, en el Score daría mayor claridad de que sigue siendo a2. Pero si no es lo que querés, le das la dirección de plicas en el mismo sentido a las dos capas.
Ahorá sí vas a poder usar una smart shape que solo afecte a la capa de arriba.
Si al poner un smart shape le "errás" de capa, te aconsejo seleccionar la capa en la que querés modificar, y si sigue sin colocarse donde corresponde, podés activar la opción Document>Show Active Layer Only (Shift+Alt+S), lo que ocultará el resto de capas.
Espero haberte ayudado, un saludo.