La edición de ese loop parece estar hecha desde el editor de audio, que siempre es una edición destructiva, no desde la ventana organizar. Cualquier edición realizada desde el editor de audio va a sobrescribir el archivo original. Es más seguro hacerla desde la ventana Organizar, ya que siempre se pueden deshacer.
La opción que dice Faelitox es la más segura a la hora de guardar un proyecto, ya que nos permite también mover con total libertad la proyecta de proyecto a cualquier ubicación, teniendo en cuenta que siempre vamos a trabajar sobre una copia. De todas maneras, si vamos a realizar una edición destructiva del archivo de audio (esto es, desde el editor de onda), es mejor hacer una copia del mismo archivo desde la bandeja de audio y trabajar sobre ella, conservando así siempre el original.
Espero haber ayudado.