Primero, mastering se supone que debe ser un proceso aplicado a un grupo de mezclas para que haya coherencia entre todas, que seguramente compondrán un cuerpo de trabajo, como un EP (extended play), LP (long play), album, o como se le quiera denominar.
El punto es que si se masteriza cada mezcla por separado, en realidad no se cumple con el propósito y se complican más las cosas.
Ahora bien, si estamos hablando de un tema único, que no formará parte de un cuerpo de trabajo, y estás dispuesto a volver al proyecto cada vez que quieras corregir algo o masterizar de nuevo, y tu sistema es perfectamente capaz de manejar el proceso y lo entiendes bien, no veo por qué no hacerlo.
Habiendo dicho eso, yo preferiría hacer una buena mezcla, exportarla, y luego masterizarla en un proyecto nuevo, así siempre tienes tu "buena" mezcla disponible en caso de que decidas masterizar de nuevo. O quizás en el futuro te des cuenta de que no te gusta la masterización que le hiciste y quieras volver a hacerlo, sin necesidad ni de tener el proyecto original.
Bueno esa es mi opinión. Estoy seguro que habrá muchas más.