Las interfaces de Native Instruments y las Zoom en calidad son de similar gama con lo que no escucharas una gran diferencia entre ellas.
Firewire cuenta con bus de datos dedicado por lo que el ancho de banda soportado es total para el periférico conectado al puerto, con lo que además de una menor latencia, también soporta mas canales, su problema real es que ciertas marcas de chips firewire no funcionan bien con las interfaces, con lo que si es para usarlas en una portatil puede terminar sin funcionar hagas lo que hagas y para usarla deberás comprar un ordenador de torre para instalar una tarjeta interna firewire con un chip compatible.
USB 2.0/3.0 no tiene grandes problemas con la compatibilidad pero cuenta con bus de datos universal que depende de lo que tengas conectado en todos los puertos USB del ordenador, ya que reparte el ancho de banda entre todos ellos, pudiendo si no tienes cuidado en el orden al conectar diferentes perifericos crear un cuello de botella que provoquen mal funcionamientos en algunos de ellos (los que requieran mayor ancho de banda), además esto también afectara la latencia y la cantidad de canales juntos que podrá usar tu interfaz de audio, entre USB 2.0 y USB 3.0 lo que cambia es el ancho de banda soportado pero no su funcionamiento este es igual.
Si es para una interfaz de 2 a 16 canales la verdad es que no me preocuparía demasiado en si es mejor por firewire o USB 2.0/3.0 funcionara sin problemas, ya es de preocuparse en sistemas con 24, 32, 48, 64 o mas canales.
Ahora lo que si es de preocuparse es que el Firewire ya fue superado por Thunderbolt, por lo que no pasara mucho tiempo en que las interfaces con este puerto queden obsoletas y sin drivers para conectarlas a nuevos sistemas operativos.
Por estas razones te recomiendo compres una USB si es pequeña.
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#2 Muy bien explicado RaulMX gracias.