a lo mejor están tapando sin querer la misma nota oculta debajo de la tuya larga...
No entiendo muy bien lo que te pasa, ¿te refieres a que si reproduces un compás aislado cuya primera nota viene ligada de la última del compas anterior, esa nota suena?
¿O a qué exactamente?
A mi me pasan cosas raras onc las ligaduras de expresión, no con las de unión.
Normalmente pueden ocurrir dos cosas: que estes utilizando una ligadura de expresión y no de unión; o que tengas algún sonido repetido quizás oculto a la vista.
A veces también depende de cómo has creado el archivo. Estos problemas pueden darse al importar un MIDI.
Prueba a desactivar Live Playback a veces ahi está el problema. Si aún así siguen sonando te queda la opción de silenciar la segunda nota en Playback>Play on pass
¿Has probado a hacer un documento nuevo y poner ese pasaje sólo?
Mis problemas con la sligaduras eran porque tenía la versión del sibelius 5 en español pero los archivos eran originalmente del sibelius 5 en inglés y en el menú de reproducir > interpretación > estilo los selectores seguian manteniendo los nombres en ingles con lo que creaba conflictos.
Ummmm, será una tontería esto que voy a decir, pero las notas ligadas están en la misma voz?
Sibelius 5.2 liga las notas de voces distintas, así que si usas esa versión, no tendría que suponer un problema. Yo lo arreglaría como ha dicho AreaPiano.
Suerte.