Tio, a través de pro tools, no puedes hacerlo. Debes masterizar los temas uno a uno (que por otra parte es lo más normal...) o lo haces con el nero, separando las pistas antes con algún editor, tipo sound forge.
Saludos
Yo masterizo con protools, fijate, pasa todas las pistas las vas separando por regiones, normalizas haces los fades y selecciona todas las regiones que quieras pasar al cd virgen en me imagino .wav, presionas shift manzana k y le dices el formato, rate y localizacion que las quieres, preferiblemente .wav y luego ya estan listas para quemarlas desde un programa de quemar cd... ENJOY!
Claro, esa es la forma de hacerlo directamente, pero es la forma si lo que quieres es un master guarrote. En fin, la toma puede ser todo lo buena que quieras, pero masterizar sin usar soft o hardware específico para ello, el resultado no va a ser todo lo bueno que pudiera ser. Pero claro, la de Moniquex es la respuesta que buscabas, bien cierto.
Saludos