No he usado casi nunca el score del cubase y lo he leido (el manual de notación) así por encima alguna vez así que no soy un experto (ni siquiera un novato) con sus funciones, pero sé que hay una herramienta/opción llamada "display quantize" ("cuantización visual") que solo cuantiza la notación sin afectar el midi, para entre otras cosas arreglar esos problemas entre lo que se toca y lo que se escribe. Hay un capítulo del manual de cubase (el que hay aparte para notación) que se explaya con ello, échale un vistazo que si lo vas a usar de forma frecuente vale la pena, ya que es muy extenso y un pequeño mundo dentro del cubase que muchos a veces hasta nos olvidamos de que existe ..
Gracias Sejoh, estuve leyendo el manual y ya lo desterre bastante.
Saludos!!!!