ya me jode contestar con ese titulo, pero bueno
la principal diferencia es que en los aux puedes seleccionar como entrada cualquier bus a parte de cualquier input, eso te da la posibilidad de volver a enrutar los buses. para que?, pues para cualquier paranoia que se te ocurra, en los objetos input no lo puedes hacer, solo puedes seleccionar los inputs (señal externa).
a parte, los aux se usan para el multichanel de los instrumentos virtuales, y los objetos input no.
cuando usar unos y cuando usar otros?, pues cuando quieras, los aux son mas comodin...
saludos!