EXISTE UN COMANDO QUE SE LLAMA FDISK QUE TE SIRVE PARA ASIGNARLE EL TAMAÑO A TU DISCO O PARA PARTICIONARLO ETC.
CHEQUEALO FDISK
y si el fdisk o el format de windows te diera problemas, entra a la página del fabricante de tu disco y descarga las utilidades para formateo (suelen disponer de ellas). Estos programas son mucho mejores que la basura que viene con windows.
saludos