Si amigo, a mi también me pasa, tanto con Audition como con Pro Tools que son los programas con los que trasteo con el rewire...
¿Solución? Sin mover las pistas, ninguna... He intentado cambiar la latencia, dejar la aplicación rewire en 2º plano, lo he hecho en varios equipos y nada...
El único "apaño" que he encontrado es dejar uno o dos compases vacíos en las ambas sesiones (tanto en Reason como en Cubase) para que al programa que controla le de tiempo a cargar la pista rewire a tiempo.
Después sacas la mezcla, recortas el silencio del principio y a volar...
Espero haberte sido de utilidad, un saludo.
Me paso lo mismo con Cubase y Reason, no encontraba la solución mas que empezar a reproducir unos centímetros mas que el principio de la pista y al grabar seleccionar el rango que quieras pero también comenzando unos centímetros o 1 compás (para que no tengas confusión) mas adelante, desp de unos dias se me acomodo solo el problema y desapareció, se ve que el sistema y los programas se van entendiendo con el tiempo, es lo único que te puedo decir quizá algo te sirva saludos !!!