Hasta donde yo llego no podras hacer puerta de ruido con matrix, ya que es el matrix es un diparador de sonidos Gate/CV. Podras disparar sonidos de los distintos modulos segun las programes en el matrix, pero no podras hacer una puerta de ruido.
Realmente Reason viene sin ninguna puerta de ruido, tan solo con un compresor que puede que no sea de tu agrado.
Prueba a hacerlo con rewire y otro programa anfitrion.
Por cierto, no se muy bien a lo que te refieres con eso de secuencia "cortada", supongo que sera cortada por la puerta, no?.
De todos modos con matrix puedes hacer automatizaciones en el de volumen que igual te puede valer tambien como efecto.
Para eso tendras que utilizar la opcion de curva, dibujar en ella la variacion que quieras y luego conectar la curva del matrix al modulo que quieras controlar (desde la parte de atras de Reason).