Prueba a reinstalar los plugins, bueno en este caso los Vsti. Recuerdo que en la grabación de un disco este verano, al técnico del estudio le pasaba lo mismo. De vez en cuando(con una periocidad siempre de unos 20 o 30 segundos) y sin motivo alguno aparecian esos sonidos(por supuesto no eran de la latencia). Lo solucionó primero desactivando los diferentes plugins, vsti hasta que localizó el que le daba el sonido. Luego lo desinstalaba y lo volvia a instalar. A veces lo solucionaba y otras no, y se tenia que buscar la vida.
Creo que lo que explicas debe ser lo mismo que lo que le pasaba a él.
Suerte, porque recuerdo que eso nos produjo unos cuantos dolores de cabeza.
Ya nos contarás
esos ruidos suelen hacerlos algun que otro plugin cuando no está registrado.