Hola Dany, pues la verdad no deberias tener problemas usando una tarjeta externa, simplemente la seleccionas en audio setup, y luego en las output routing, quedando la s2 únicamente como controlador (como los x1.)
Pero también te digo, que tu problema de saturación, lo puedes solucionar, ecualizando y manejando el volumen de los tracks, así como el main volume de traktor, o si no quieres complicarte la vida, usa el limiter de traktor y el headroom.
Para ello te vas a las opciones de traktor, y luego a la pestaña mixer, ahí activas el limiter y pones el headroom al nivel que veas adecuado, yo personalmente uso en mi s4 el headroom a -6db, y no satura nada (y eso que tengo el limiter desactivado)
Un saludo men y espero haberte sido de ayuda