Llevaba un par de días pensando que tenía un bug en la MPC o estaba loco. He conectado un iPad al final de la cadena de MIDI thru y sólo recibía el canal 1.
Al final pinchando el cable aquí y allá he dado con el culpable, es un bug en el EDGE que sólo deja pasar ese canal. La buena noticia es que hay una actuación de firmware que lo arregla.