Hola yo no conozco esos protocolos, pero bueno supongo que preguntando a los de alesis te podran dar una orientacion
Con respecto a lo que comenta ama te doy mi punto de vista: Tienes un buen chocho montado
A ver te comento rapidamente un par de ideas a ver si te saco de dudas. Todos los protocolos de comunicaciones tienen dos partes fundamentales, la aplicacion de tecnicas para la proteccion frente a errores y la codificacion de canal. La primera introduce mediante diferentes tecnicas una cierta redundancia de datos para que en caso de haber algun problema en la transmision el aparato receptor sea capaz de regenerar parte de la señal perdida ( esto asi explicado deprisa y malamente )
La otra parte es la codificacion de canal que lo que trata es de ajustar el chorro de bits al medio de transmision. En este caso se pretende eliminar la tension de continua que es realmente problematica con los grabadores magneticos por diferentes motivos que de momento no nos importan. Por otra parte se trata de que la señal que se transmita posea gran cantidad de variaciones para q de esta manera el circuito receptor sea capaz de extraer una señal de reloj de la señal entrante y por ultimo se desea una elevada densidad de grabacion para de esta manera reducir el ancho de banda y regimen de simbolo necesario para la transmision.
El protocolo adat y tdif no los conozco, pero el protocolo aes3 me lo conozco como mi picha. La codificacion empleada en el aes3 es la Manchester, la cual ya se viene utilizando de antiguos grabadores digitales de cinta. Este codigo es la repolla xq con un simple circuito pll la maquina receptora es capaz de extraer la señal de reloj del mismo chorro de datos con un jitter minimo.
Generalmente las maquinas receptoras usan circuiteria pll con la cual van comparando la señal generada con la señal entrante y de esta manera la van variando segun haga falta para sincronizar ambas maquinas ( asi un poco visto por encima ) por lo tanto si el protocolo de adat y el de tdif tiene las variaciones necesarias para q el pll se enganche no tendrias xq necesitar pasar una señal de wordclock, aunque claro esta, en caso de fallo en la transmision y de no poderse recuperar la señal en la entrada estarias perdiendo el reloj y los datos, mientras que al ir la señal de reloj en el wordclock por un cable alternativo la maquina receptora podria conmutar entre el chorro de bits de la señal y la señal de wordclock...
En definitiva tu instalacion convendria platearsela seriamente en un papel, pero aun asi si quieres un clasico consejo que jamas te va a fallar y que todo el mundo conoce es que teniendo un generador/distribuidor de wordclock externo y enclavando a el todas las maquinas, sin ninguna duda tu estabilidad en el reloj va a mejorar muchisimo.
Pasarlo bien con el wordclock que yo me voy de cañas
) ya que entiendo que, o dominas por un tubo (caso Fourier) o te limitas a dejarlo "puestito" para que te de los mínimos quebraderos de cabeza posibles (..caso mio). 
