Hola, pues tendrás que configurar el controlador midi para que envíe otros números de CC que no correspondan con los que son standard en midi. Igual el controlador tiene algún programa o utilidad para hacerlo.
O cambiar esos en Cubase para que no se ajusten a volumen, pan, modulación, etc.
También si los vsti tienen modo learn (aprendizaje) puedes usarlo para configurar automáticamente esos controladores a los parámetros que asignes en el vsti.
Te puedes crear tus propios mapas de CC en el cubase, pero de memoria no recuerdo todos los pasos y te puedo equivocar.
Saludos
Usa los filtros MIDI de entrada en Cubase. Puedes transformar cualquier controlador en otro. Por supuesto lo que propone Mr. Blue sería lo suyo: crearte tus propios mapas en el controlador, pero sé por experiencia que suele ser un trabajo bastante engorroso. En Cubase es tan sencillo que merece la pena puesto que puedes guardar todos los mapas que necesites y cargarlos con un click. Consulta el manual. Está perfectamente explicado.