Creo que estaba en el menú Archivo/Comandos de teclado (File/Key commands).
Veo que se pueden modificar manualmente uno por uno, gracias, por pasarte..
También puedes modificarlos de forma masiva:
En la ruta donde lo tengas instalado, por ejemplo "c:\Archivos de programa\Steinberg\Nuendo" tendrás una carpeta llamada "Presets", dentro de la que hay otra llamada "KeyCommands", dentro de la cual tienes los XML que definen estas teclas.
Bueno, te lo estoy diciendo mirando Cubase 7, así que la ruta puede ser un poco diferente, pero la idea es esa.
Si consigues los ficheros con el mapeo de teclado para que sean como los de ProTools, con sobreescribir los que tienes ahora y reiniciar el programa estaría todo hecho, aunque no sabría decirte de dónde sacar esos ficheros. Supongo que alguien lo habrá hecho a estas alturas, y sería eso lo que encontraste.