Supongo que es porque los loops no están clavados entre sí, cosa que no es primordial en según que sonidos, pero en el bombo sí.
Tiene pinta de que la herramienta pitch que has usado no ha calculado bien y algún golpe de bombo está descuadrado en algunos momentos respecto a la/s otras muestras... Entonces entra en fase en ese momento con el otro bombo y pierde pegada. Supongo que será eso...
Te recomiendo que vuelvas a cojer esas muestras y en algún editor las claves de manera manual.
Un saludo
Supongo que te faltará ajustar la compresión en la pista del bombo. Revisa esto y todas las demás pistas que tengan frecuencias próximas al bombo, puedes guiarte por debajo de de 200-300hz, o métele un spectrum analyzer a la pista del bombo y mira qué frecuencias te tira.