En las opciones de Traktor cambia el buffer size, con la última versión de Traktor varios tuvimos un problema de ruidos debido a eso, a lo mejor es tu caso. Pruébalo y ya nos cuentas que tal.
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mod
¿Es un cable "en Y", con dos conectores RCA en un extremo y el minijack en el otro? ¿El minijack es mono (un sólo anillo negro aislante) o estéreo (dos anillos aislantes)? ¿Qué modelo de monitor estás usando?