No entiendo bien el problema. Pero tienes 2 formas de utilizar los 2 canales, una es crear una pista estéreo y asignarla a dicha pista una entrada estéreo, eso hay que tenerlo presente, las entradas físicas se pueden seleccionar por separado o ambas como un estéreo y para eso hay que entender como es el manejo de tu DAW en ese aspecto. La otra forma es utilizar 2 pistas mono y a cada pista asignar una entrada individual, no ambas enlazadas, si das mas detalles de como lo estas haciendo podríamos revisar en que te estas equivocando.
#2 A eso voy, queria que alguien que use el Fl Studio para grabar instrumentos me ayude como poder grabar desde las dos entradas mono a la vez, distintos intrumentos..