¿Ese era el calibre original de cuerdas que traía el bajo? Pudiera ser que el mastil esté excesivamente plano. Es muy importante que el mastil tenga la concavidad suficiente (que en los bajos no es poca debido al gran grosor de las cuerdas). Lo extraño es que solo trastee una cuerda. Quizás te convenga ir a un luthier de confianza y que te haga un buen ajuste, ya que hay que comprobar varios parámetros: ángulo del mastil, tensión del alma, ajuste de las selletas del puente en relación al radio del diapasón...
Puedes hacerlo tú, pero si tienes un poco de experiencia. Busca en internet la "guia definitiva de ajuste perfecto para bajo" de Jerzy Drozd, es sencilla de encontrar y muy útil y clara para hacer este tipo de ajustes.