asi de pronto es dificil de decir, que ordenador tienes? lo tienes optimizado para audio? has mirado que la targeta de audio no comparte ninguna irq con otro dispositivo? te pasa todo el rato o solo si cargas el pc? no se dame mas datos igual t puedo ayudar..
Salu2
Por lo que dices, parecen clicks de reproducción, no de grabación, así que posiblemente el problema esté en la lectura desde tu disco duro. Si tienes varios discos, prueba a grabar en otro. ¿El disco en que intentas grabar es Serial ATA?