Ostras... Se me había pasado la respuesta!
A ver... Estoy mirando la versión del Pinguin que tengo (v2.2) y en mi caso le doy a "Device" y ya me aparece la opción del bus principal de mi driver de sonido: "kX Wave SB0060 5.1 [b000] 0/1". Así que no tiene ningún misterio.
Supongo que será cuestión de configurar el driver en Windows como principal, mediante "panel de control", "dispositivos de sonido y audio " podemos seleccionar el driver y algunas opciones en la pestaña de audio.
La cuestión es hacer que el sonido le llegue al sistema operativo a través del driver. Y luego conseguir que el pinguin lea del bus correcto. En lo que me pone a mí, "kX Wave SB0060 5.1 [b000] 0/1", el "0/1" significa los canales que forman el bus estéreo que está leyendo el pinguin... Supongo que se podría configurar para que leyera otros canales de la tarjeta, "2/3" o "4/5", etc...
Tampoco en la ayuda que me aparece a mí en el Pinguin dice nada concreto de cómo ponerlo a punto para tarjetas concretas. Supongo que se limita a leer los dispositivos del sistema.
No sé, yo miraría de que el audio estuviera bien accesible en sistema operativo, probar a que el driver sea el predeterminado. Debería funcionar. Aún así, si no funcionara, siempre hay otras opciones muy válidas.