Mirando por el foro de musescore encontre este post
http://musescore.org/en/node/9813
donde hablan de usar un filtro/router midi entre musescore y linuxsampler.
El programa en concreto se llama "qmidirouter" y se puede encontrar en los repos de Ubuntu y Debian.
Después de varias pruebas, te presento la siguiente combinación:
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(Nota: los enlaces en rojo son opcionales)
La pega que qmidiroute tiene solo un puerto de entrada por tanto necesitamos tener abiertas tantas instancias como puertos tenga musescore, pues vamos a tener canales repetidos (de 1 a 16) en cada puerto de musescore. Que instrumentos van por cada puerto? pues mira no lo se pero qmidiroute si que lo sabe, tendrás que ir poniendo en "solo" a cada instrumento en el mezclador de musescore y ver en el log de qmidiroute que canal midi le llega, mira
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Nota: Si tienes marcada esta opción todos los canales que no estén mapeados se ignorarán,
En esta foto le están llegando el 10 y el 7 (porque tenía en "solo" dos instrumentos) pero haciendo esto instrumento por instrumento puedes ver por que canal midi emite
Luego lo creas un "mapa" por instrumento como este
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En Input Channel filtras desde que canal hasta cual, en este caso solo el 10 y en Output Channel pones "fixed" y el canal al que quieres redirigirlo (canal del instrumneto linuxampler)
En esta foto envío por el puerto ALSA Midi 2 pero no es necesario (estaba probando) con 1 solo puerto de salida es suficiente
En linuxsampler tendras q tener también tantos puertos de entrada como de salida tenga musescore.
Nota: qmidiroute usa puertos midi ALSA, si usas en musescore poraudio no tendrás problema, pero si usas puertos midi de JACK tendrás que tener en la configuración de jack el driver midi en "seq" para que te cree un puerto midi jack por cada puerto midi alsa, así
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Bueno todo esto es un poco engorroso pero espero que te sirva, no olvides guardar la configuración de qmidiroute para que no tengas que configurar cada instrumento en cada sesión.
Saludos