Conflicto ninguno hombre, no te preocupes. Tendrás dos unidades:
C: para el Serial ATA
E: para el viejo (puede ser otra letra)
Lo de cargar los efectos y sonidos pues a ver, depende. A ver si me explico, cuando tu metes una reverb VST en un proyecto se guarda en él la informacion de que reverb estas usando y de sus parametros pero no se guarda el propio programa para hacer la reverb, no se si me entiendes. Si el efecto es es un propio efecto del Live no tendrás ningun problema.
De la misma forma cuando tu guardas un proyecto no se guardan en el todos los sonidos, solo una referencia a ellos, es decir cada vez q lo ejecutas llama al sonido q puede estar por ejemplo en C:/Mis documentos>samples y se reproduce. Por eso si cargas un proyecto con el live que has instalado en el nuevo disco duro cuando busque en C:/Mis documentos>samples no encontrará nada y no se podrá reproducir.
Por eso lo correcto sería ahora q has reinstalado todo el sistema operativo en el nuevo disco duro instalar todos los programas que tenías antes, todo igual, y meter los samples igual que los tenías en el otro. Te vale con arrastrarlo alguna carpeta de un disco duro a otro, como con cualquier carpeta de windows. Convive sin borrar los datos del 2º disco duro un tiempo y cuando estes seguro de q todo funciona bien formatea si quieres y dejalo limpio.
Te recuerdo, al pasar info de un disco duro a otro tienes exactamente el mismo archivo, te vale con arrastrar y soltar, lleva todos los proyectos de Live a una carpeta.
No se como funciona Live, si guardaste presets creados y renombrados por ti para los efectos en el Live viejo no estarán en el Live nuevo, enterate bien de si has hecho esto.
Un saludo.