Esos clicks podrían deberse a que tienes mal cortado el archivo de audio. No puedes cortar por donde quieras, sino en el punto de inflexión de la onda donde no hay sonido. De no hacerlo así siempre escucharás clicks al inicio o al final de la muestra de audio. Sobre todo cuando comprimes.
De hecho yo antes de insertar una muestra en Cubase hago un microfundido de entrada y de salida a la muestra (de milisegundos...), así me aseguro siempre de que no hay absolutamente nada al comienzo del wav.
Salu2.
Prueba empleando un crossfading entre las tomas que vayas a unir.