El ruido empieza en la guitarra, si tiene pastillas simples y no está apantallada, el ruido será mucho peor. Sique por los cables si éstos son malillos y llega a los pedales, que probablemente amplificarán ese ruido como mínimo y crearán más ruido si son malillos también. Luego el ruido llega al ampli y otra vez igual, lo amplificará y añadirá todavía más ruido, sobre todo en el canal sucio o cuando usamos bastante ganancia. Realmente, la guitarra es un instrumento ruidoso!!!
Lo ideal sería usar algún cacharro que nos sirva para controlar un poco ese ruido incluso antes de llegar al ampli, como por ejemplo un pedal de "puerta de ruido". Yo tengo un Boss NS-2 y va bastante bien, sobre todo cuando le meto overdrive y distorsión al mismo tiempo.
Una vez que ya tenemos la señal en el ordenador, si queremos limpiarla un poco, "algo" nos vamos a tener que cargar. O bien probamos algo rollo "puerta de ruido" (dependiendo del contenido de la pista) o bien probamos algo que reconozca y elimine esas frecuencias de ruido (como comentaba jazzpau1), aunque estaremos machacando también parte del sonido de nuestra guitarra.
Para grabar lo más "pro" posible, buena guitarra (por lo menos que no genere problemas, que tenga las soldaduras en buen estado, etc...), buenos cables (que no entren ruidos también por ahí), buenos pedales (por lo menos que no generen un ruido excesivo), buen ampli, buenos micros, buenos previos, buenos conversores en la tarjeta, etc... También puede ayudar el alejarnos de posibles fuentes de ruido (mirar si alejándonos del ordenador o del monitor suena menos ruido, a veces con la Strato acabo tocando a 3 metros y con la guitarra apuntando al ordenador para evitar que se cuelen ruidos eléctricos raros). Pero en ningún caso va a ser "pro" el tener que machacar parte del espectro una vez grabada para conseguir que suene bien con un programa tipo iZotope RX (yo por lo menos no lo he visto en mi vida salvo en reparación de pistas viejas grabadas en cintas que se han deteriorado mucho).
No sé, yo me preocuparía más de la señal antes de que llegue a la tarjeta de sonido. Por cierto, qué equipo estás usando? Guitarra, cables, pedales, ampli, tarjeta?