¿Y sólo te ocurre con plugins nativos? No me constan problemas de ese tipo (que no me consten a mí no significa que no los haya... pero lo desconozco). Lo complicado para el resto de nosotros es poder comparar con Ableton. Yo puedo comparar con mi viejo Cubase, y no hay color.
Se me ocurre que entres en las opciones del programa (Options-Preferences) y en el apartado Audio-Buffering asegúrate de tener marcada la opción Auto-detect the number of needed audio processing threads. Pon también (debiera ya estarlo) la prioridad en Highest.
También asegúrate, para una buena comparación con Ableton, que el controlador ASIO en ambos casos (Ableton y Reaper) tienen el mismo valor.
No me he parado a mirar los requisitos y librerias que necesita Reaper para funcionar, pero no estaría de más que tuvieras actualizados los netfx.framework y los Visual C++.