Hola!
En los directos, para evitar sonidos de otras fuentes que se cuelan en los micros normalmente se utilizan puertas de ruido. También vas a tener que poner atención en la señal que llega por cada micro, pues al tocar instrumentos diferentes sobre un mismo micro (voz y armónica) pueden llegar señales de diferente intensidad, llegando incluso a saturar. Se suelen hacer pruebas de grabación para llegar a un nivel idóneo de micros. Luego el realce o atenuación de las partes y su proceso (compresión, eq, etc.) se suele hacer en la mezcla según convenga.
El fade in/out y el crossfade se hace editando la muestra. Seleccionas la muestra y en la parte de arriba, a los lados sale un cuadrado que indica una flecha del tipo , arrastras hacia dentro de la muestra (desde la izquierda hacia la derecha estás haciendo fade in, y desde la derecha hacia la izquierda estás haciendo fade out). Si clickas doble en la parte de la muestra que está por encima de la línea de fade se te abre el editor de curvas de volumen. Ahí puedes realizar con más exactitud los retoques oportunos de fade. Luego debes colocar las muestras editadas en sus lugares correspondientes, seleccionar las que quieres fundir, y con el botón derecho sale un menú en el que en una de las opciones (no recuerdo si es en "Proceso" o en "Audio", búscalo tu) tienes la opción de hacer el fundido o crossfade entre ambas.
Por cierto, en lugar de cortar las partes de armónica sobre la pista principal, yo lo que haría es duplicar la pista en bruto para tener en una la voz y en otra la armónica, e ir quedandome con las partes de la muestra que me convengan en cada pista, porque ajustando las muestras de esa manera los fundidos salen mejor (parte entrante y parte saliente de cada pista en la mezcla). De la otra forma es un corte brusco y los fades y crossfades no salen bien. Además, los cortes en las ondas de audio se hacen justo por donde la onda pasa por la línea horizontal o 0, pues si se hace a media onda, bien por arriba o por abajo, suelen producir ruidos de click en las muestras. Pero todo ésto ya no tiene que ver con Cubase, sino con edición de audio.
Saludos.