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Hola,
Si, claro, simplemente abre kontakt de 8 o 16 canales, el instrumento que cargues, justo debajo del nombre tiene una ventana para seleccionar el canal MIDI. Por defecto se van cargando los instrumentos en canales consecutivos (el primer instrumento en el puerto MIDI A canal 1, el segundo en el puerto MIDI A canal 2 y así sucesivamente.
En Cubase seleccionas el Kontakt y el canal MIDI de la pista y ya está.
Si quieres que un solo instrumento suene en dos pistas de Cubase, tendrás que ponerles en el mismo canal MIDI (si quieres que un piano suene en dos pistas de cubase, por ejemplo, cargas el instrumento en Kontakt en el canal 1 y en Cubase asignas los dos canales al canal MIDI 1), si quieres que suenen dos instrumentos de la misma instancia de Kontakt en dos pistas de Cubase, simplemente pones cada pista en su canal correspondiente y ya está.
Kontakt es multitímbrico de 16 canales, así que es todo cuestión de asignar las pistas MIDI en Cubase como quieras.
Saludos,