Todos los acordes correctamente escritos, es decir, con el tipo correspondiente de fuente, se ve afectado por el cifrado. Por eso mi escueta respuesta.
Por otro lado la pregunta de yoquese se refiere única y exclusivamente a un cambio de tono, y no de nota que es algo muy distinto.
Si es posible disponer de una opción así, pues sí: si existiera una convención sobre cifrado. Sibelius no se moja con los acordes y yo critiqué en el foro oficial la falta de algunas prácticas habituales para arreglistas, como los retardos (sus4-3, 7-6-5#), paréntesis para cifrados alternativos, poliacordes...
Por suerte el sistema antiguo permite mis exigencias, pero el nuevo sistema lleva el camino de automatizar muchas herramientas y de implementar lo que aún le falta, y no dudo que algo como lo que comentas aparecerá también tarde o temprano en Sibelius (digamos el 9 o el 10...?).
De todas formas por aclarar una cosa sobre cifrado. El cifrado se usa en jazz y música moderna con el propósito de ofrecer de un vistazo al intérprete un esquema armónico. No hay jazzista que toque un C7 sin novena, trecena o aliños varios. Si ese acorde además dura más de la cuenta hasta se encargará de enfatizarlo o de usar adornos de todo tipo. Luego C7 no es un acorde si no un punto de partida para la realización. Sería imposible que un cifrado ligado a una formación de acordes que encima no tiene que estar en vertical (se puede arpegiar, quebrar...) satisfaga la práctica de tantos estilos posibles.
Digamos que el cifrado se usa para ofrecer al músico la libertad de escoger y distribuir sus voces como buenamente entienda.
Vamos, el viejo dilema entre interpretar y ejecutar.
Pura improvisación. Me encanta tu definición. 
