Después hablando con otro técnico me confirmó que a ellos tambien les había pasado y que al parecer ese fallo no tiene solución.
Os informo por si os pasa y flipais.
Se trata de lo siguiente;
Coges un Loop, y empiezas a hacer copias, y si te da por revisar si todas las copias están perfectamente encajadas en el grid, resulta que de vez en cuando alguna no encaja perfectamente en el grid, y la cosa no es que el loop se haya estirado o acortado, el fallo es que de vez en cuando sale un compas mal de grid.
A priori parece poco grave porque hablamos de muy pocos samples, pero a partir de una copia de loop mal hecha todas las demás se pueden desencajar del grid.
La solución es ver cuando hay uno mal y hacer un consolidate en ese loop pero cogiendo todo el compas, no el loop exacto.
A ver si con el 8 lo arreglan.
Saludos