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En principio podrias conectar la maquinita al ordenata, y grabarlo con otros programa y luego crear una carpeta y luego esa carpeta la cargas al fruity loops, pero lo más seguro que pierdas calidad al exportar los sonidos de la maquinita al ordenata, pero es una opción puedes probar xd, si te vale esta ayuda bien.
Yo lo que querría es mandar los sonidos directamente de la máquina a Fruity loops configurandola como dispositivo MIDI.
No sé si esto puedo hacerlo.
Abres un plugin MidiOut del FL. Seleccionas el puerto 1, por ejemplo. Conectada la máquina por medio de los cables midi, y abres la entrada de línea en un canal del mezclador.