Antes de exportar el Midi, trás prepararlo para exportar en MIDI, las pistas "midi" que aparecen, que aparentemente no suenan, traen cada una en su ventanita, para seleccionar el instrumento MIDI, a exportar, para que Windows, (un movil, etc.) puedan reproducir las pistas, con sus instrumentos MIDI-alizados.
Cuando abras FL de nuevo, coge el archivo MIDI exportado, y arrástralo a la cabecera del programa: justo arriba, donde están los menús, y la pantallita del programa. No lo arrastres a una pista porque se te van a meter todas las pistas del Midi, en la unica pista, mezclado todo. Y ya, te pones a sustituir instrumenos.
Al abrir el MIDI con programas editores de partituras, al menos con el Sibelius, me pone las pistas como quiere. Las alteraciones vienen accidentales; a lo mejor un piano te lo escribe un rato a dos manos, y de repente te mete la voz de la izquierda, con mil barras adicionales, en la clave de sol; y muchas chapucillas... Todo es ponerse a corregir manualmente, digo yo.