Tienes que hacer doble clic (con el cursor de selección, no el de borrador) en el clip en el que se encuentran las notas que quieras borrar. Si le das con el borrador directamente sin haber abierto el clip, la acción se aplica a este.
Al principio puede resultar algo desconcertante, especialmente si, al igual que yo, te pasabas todo el tiempo en la vista Edit y eres demasiado perezoso como para agrupar las notas por colores. En esta vista simplemente tienes que acostumbrarte a crear los clips primero. Cuando te acostumbres agradecerás el cambio a la hora de estructurar las partes de tu tema.